بابل نیز از فرصت استفاده کرده علم طغیان برافراشت و وقایع این شورش هم درست معلوم نیست.هرودوت اسم یاغى را ننوشته، ولى از الواحى، که در حفریات بابل بدست آمده، چنین استنباط میشود، که چند نفر ادعاى سلطنت کرده اند، زیرا چند اسم ذکر شده مانند: بلشیم انى یا بلشیم انا و شى کوشتى. این دو نفر خود را پادشاه بابل خوانده اند. بعد کسى آكشى ماسو نام خود را پادشاه بابل و ممالک دانسته، ولى از این اشخاص لوحه هائى، که تاریخ آن سال بعد از جلوس خشیارشا باشد، بدست نیامده، بلکه بعکس در لوحه هاى معاملات تاریخ را باسم خشیارشا، بعنوان پادشاه بابل و ممالک، نوشته اند و نیز چنین بنظر میآید، که زوپیر از طرف ایران والى بابل گشته و شورش را فرونشانده، ولى چندى بعد او را کشته اند و بعد پسر او بغابوخش (مگابیز دوم یونانی ها) بجاى او معین شده. هرودوت گوید، که دیوار و معابد شهر را بحکم شاه خراب کردند و مجسمه مردوك رب النوع بزرگ بابلى را به ایران بردند.آریان و سترابون گویند معبد بزرگ اساهیل خراب شد. این هیکل زرین، چنانکه بالاتر مکرّر گفته شده، در نزد بابلى ها خیلى مقدس و مورد پرستش مخصوص بود و هر پادشاه قانونى بابل در اول سال بابلى دست آن را می گرفت. بنابراین با آوردن آن به ایران بابل از مقام پایتختى محروم شده ایالتى از ایالات شاهنشاهى ایران گردید. هرچند از آنچه در باب تسخیر بابل در زمان کوروش گفته شد، این نکته روشن است، باز براى احتراز از سوء تفاهم توضیح می شود، که کوروش، کبوجیه، داریوش و حتى خشیارشا قبل از سومین شورش بابل پادشاهان آن بودند، یعنى کلده دولت بود، بابل پاىتخت آن و این شاهان ایران پادشاهان کلده بشمار مى رفتند، چنانکه در تواریخ الواح معاملات، عنوان آنان و حتى خشیارشا را در اول سلطنتش بابلى ها " پادشاه بابل و ممالک " نوشته اند، ولى در سال چهارم سلطنت شاه مزبور عنوان او " شاه پارس و ماد و شاه بابل و ممالک است" و از سال پنجم سلطنت او فقط "شاه ممالک" بعدها هم جانشینان خشیارشا همین عنوان را دارند. بس معلوم است، که بواسطه شورش هاى پى درپى از مقام کلده کاسته بود و بابل از این زمان پایتخت بشمار نمی رفت. از عده لوحه هاى معاملات و غیره، که از این زمان ببعد بدست آمده، و مقایسه آن با عده لوحه هاى قبل از آن، نیز روشن است، که بابل رو بانحطاط گذارده، انحطاط علاوه بر جهات سیاسى دو جهت دیگر هم داشت. اولا ترعه داریوش مصر و دریاى مغرب را مستقیما با خلیج پارس و دریاى عمان و هند مربوط کرد. ثانیا شهر نیپ پور قدیم و نیز اپیس که در کنار دجله بود، رو بترقى گذاردند، زیرا این محل ها براه هائى، که آسیاى صغیر و سوریه را با فلات ایران مربوط میداشت، نزدیکتر بودند. بعبارة اخرى بابل جاى خود را بجاهائى میداد، که بعدها سلوکیه و تیسفون و بغداد در آنجاها بنا و بلند شدند. از آنچه گفته شد این نتیجه حاصل میشود، که خشیارشا مجسمه مردوك را به ایران آورد، تا کسى نتواند در بابل دعوى سلطنت کند، زیرا گرفتن دست این خداى بابلى دیگر مقدور نبود. این نکته را نیز باید در نظر داشت، که هرچند از اهمیت بابل از این زمان ببعد کاست، ولى تمدن بابلى از میان نرفت، زیرا مى بینیم، که زبان بابلى، خطوط میخى، هیئت کلدانى، فهرست هاى نجومى و غیره در آسیاى غربى رواج دارد و شاهان هخامنشى نسخه بابلى را بکتیبه هاى خودشان علاوه میکنند بعض مؤلفین جدید تصور کرده اند، که حکایت هرودوت راجع به زوپیر، چنانکه در(صفحه 550)  گذشت، مربوط بسومین شورش بابل است، ولى از اسناد بابلى دیده نمی شود، که محاصره بابل در این دفعه هم طول کشیده باشد. در باب تاریخ این شورش بعضى عقیده دارند، که این واقعه بر اثرعدم بهره مندى ایران در یونان روى داده، ولى هرودوت آن را قبل از قشون کشى خشیارشا به یونان ذکر کرده. از لوحه هاى بابلى، یعنى از عنوان خشیارشا در اسناد معاملات بابلى ها، چنین مستفاد می شود، که در سال سوم یا چهارم سلطنت خشایارشا این واقعه رویداده، زیرا در سال پنجم سلطنت او عنوان این شاهرا "پادشاه ممالک " نوشته اند و اسمى از بابل نیست. بس تاریخ این شورش باید تقریبا بین 482 و 481 ق. م و قبل از جنگهاى ایران و یونان باشد.